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微波杀菌设备统称为微波杀菌机，主要由微波的热效应用生物效应实现杀菌。生物效应是微波电场的高速改变破坏细胞膜断面的电位分布，影响细胞膜周围电子和离子浓度，从而改变细胞膜的通透性能，造成细胞营养不良，不能正常新陈代谢，细胞结构功能紊乱，生长发育受到抑制而死亡。
热效应是菌体分子吸收微波后温度升高，细胞体内蛋白质受到无极性热运动和极性转动两个方面的作用，使其空间结构变化或破坏而使其蛋白质变性。蛋白质变性后，其溶解度、粘度、膨胀性、渗透性、稳定性都会发生明显变化，而失去生物活性。
微波对肉制品杀菌的特点
1、低温杀菌保持营养成份和传统风味。微波杀菌是通过特殊热和非热效应杀菌，与常规热力杀菌比较，能在比较低的温度和较短的时间就能获得所需的消毒杀菌效果。
2、杀菌效果彻底。由于微波具有穿透作用，对食品进行整体处理时，表面和内部都同时受到作用，所以杀菌、杀虫均匀、彻底。
3、操作、控制简易。微波食品杀菌处理，设备能即开即用，没有常规热力杀菌的热惯性，操作灵活方便，微波功率能从零到额定功率连续可调、传输速度从零开始连续调整，便于控制。
